Para analisar moléculas de RNA podem ser utilizados géis de agarose e
poliacrilamida, desnaturantes ou não. As propriedades desta eletroforese são
basicamente semelhantes às de eletroforese de DNA (Patel, 1994).
A qualidade das moléculas de RNA pode ser analisada em gel de agarose
normal, feito com tampão (TBE, TAE) com água DEPC ou em gel desnaturante.
Devido a interações intramoleculares, as moléculas de RNA podem dobrar-se,
alterando a estrutura secundária e afetando a migração das moléculas no gel. O gel
desnaturante soluciona este problema, pois sob condições desnaturantes as pontes
de hidrogênio são rompidas e o RNA migra como molécula de fita simples.
Isto permite avaliar com acurácia a qualidade e o peso molecular do RNA (Sambrook,
2002; Maseka, 2005).
Dentre os desnaturantes existentes, o mais poderoso, além de caro e
altamente tóxico é o hidróxido de metil mercúrio. Porém, o mais freqüentemente
utilizado é o formaldeído, mas pode haver variantes de géis utilizando tiocianato de
guanidina, formamida e DMSO. A utilização de cada um deles apresenta vantagens
e desvantagens de acordo com a escolha do tipo de gel, poliacrilamida ou agarose,
diferentes níveis de toxicidade e potencial de desnaturação (Patel, 1994).
Os géis polimerizados com formaldeído não coram satisfatoriamente as
amostras, de forma que o brometo de etidío deve ser colocado em cada amostra
individualmente, e não no gel, como comumente utilizado (Regitano, 2001).
Outro diferencial no gel desnaturante de agarose é a utilização de MOPS (3-
N-morfolino ácido propanosulfônico). O MOPS é um excelente tampão para
manutenção de sistemas biológicos em pH neutro. É muito utilizado em biologia
molecular e bioquímica.
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